Programowanie mikrokontrolerów ostatnimi czasy jest coraz popularniejsze w społeczeństwie programistów. Programowanie mikrokontrolerów polega na napisaniu odpowiedniego kodu programu skompilowaniu go i zapisaniu w mikrokomputerze. Programowanie mikrokontrolerów jest mniej skomplikowane niż pisanie programów. Bowiem mikrokontrolery nie władają taką mocą obliczeniową jaką włada PC czy notebook.

Mikrokontrolery są coraz powszechniej stosowane w wszelkiego rodzaju układach elektronicznych. Zastosowanie mikrokontrolerów jest bardzo szerokie od zwykłych urządzeń sterujących na przykład lusterkami w samochodzie po niezwykle zaawansowane narządy elektroniczne japońskich androidów czy zwykłych robotów.

Do napisania programu pod mikrokontroler można zastosować chociażby taki język programowania jakim jest C czy C++. Oczywiście niezbędne są też do tego odpowiednie układy elektroniczne które zapiszą na mikrokontrolerze napisany przez nas skompilowany program. Programowaniem mikrokontrolerów zajmuje się informatyka połączona z automatyką.